La Cooperación Internacional es un imperativo de este tiempo de toda actividad educativa y científico tecnológica. Por ello, la FUNPEI ha desarrollado un amplio trabajo en la materia a partir de dos ejes. El primer eje -institucional- se sustenta en la radicación de la Fundación en países de la Región. Ya se encuentran funcionando la FUNPEI-Colombia y la FUNPEI-Chile y están avanzados los desarrollos en las Repúblicas del Ecuador y del Paraguay.

El segundo eje denominado programa de Cooperación Académica y Científica Regional es la resultante de la interacción con Universidades, Institutos, Agencias Gubernamentales y Organizaciones no Gubernamentales de distintos países latinoamericanos. Las desarrollos alcanzados refieren a estudios de posgrado, cátedras internacionales, programas de investigación y divulgación sobre temáticas específicas, circulación académica y transferencia científica tecnológica.